Zapfen bezeichnet im Allgemeinen einen Fruchtstand, bei dem die Früchte ungestielt an einer verdickten, holzigen Hauptachse sitzen (z. B. bei Alnus – Erle). Meist bezieht sich der Begriff auf den weiblichen Blüten- und Samenstand der Nacktsamer: hier steht in der Achsel der Deckschuppe (die einem Tragblatt entspricht) eine stark reduzierte Blüte, die nur aus einer Samenschuppe (die einem Megasporophyll entspricht) mit meist zwei Samenanlagen besteht. Seltener wird der Begriff Zapfen auch für die männlichen Blüten der Nacktsamer verwendet.
